Il s'agit du 27e film de la franchise Détective Conan. Une carte signée "Kaito Kid", le célèbre voleur fantôme, est arrivée dans l'entrepôt d'une compagnie localisée dans la ville Hakodate, sur l'île d'Hokkaido. Cette fois-ci, la cible de Kid est un katana lié à Toshizo Hijikata, le vice-commandant du Shinsengumi à la fin de l'époque d'Edo. Pendant ce temps, Heiji Hattori, le grand détective de l'Ouest, ainsi que Conan Edogawa et ses amis, se rendent également à Hakodate pour un tournoi de kendo. Heiji réussit à percer le déguisement de Kid et à le coincer ?! Au même moment, un corps avec une coupure en forme de croix sur la poitrine est retrouvé dans le quartier des entrepôts de Hakodate. L'enquête mène le groupe sur la piste d'un Japonais-Américain connu sous le nom de "Marchand de la Mort" et qui opère comme trafiquant d'armes dans toute l'Asie. Celui-ci était à la recherche d'un trésor qui aurait été caché quelque part dans Hakodate par une personne profondément impliquée dans l'industrie militaire pendant la guerre. La rumeur dit qu'il s'agit d'une arme puissante qui aurait pu complètement changer le cours de la guerre, alors que le Japon était au bord de la défaite... Kid va alors être confronté à un mystérieux épéiste, une ombre s'approchant du trésor qui semble lié à l'épée qu'il convoite...
